Glavni odbor Sindikata je najviši organ Sindikata između dva zasjedanja Skupštine i obavlja poslove iz nadležnosti Skupštine.

Članovi Glavnog odbora su predsjednici osnovnih sindikalnih organizacija, dodatno još po jedan član iz osnovne sindikalne organizacije JU Dom zdravlja KS, JU Opća bolnica „Prim. dr Abdulah Nakaš“ Sarajevo, te predsjednik i dopredsjednik Sindikata.

Glavni odbor Sindikata broji 21 članova.

Članovi Glavnog odbora Sindikata za mandatni period 2015. – 2019. godina su:

1. Selimić Edo, predsjednik – Osnovna sindikalna organizacija JU Dom zdravlja Kantona Sarajevo
2. Pilavac Fadila, dopredsjednik – Osnovna sindikalna organizacija JU Dom zdravlja Kantona Sarajevo
3. Bešić Samir, član – Osnovna sindikalna organizacija JU Zavod za hitnu medicinsku pomoć Kantona Sarajevo
4. Brajković Mario, član – Osnovna sindikalna organizacija JU Opća bolnica „Prim. dr Abdulah Nakaš
5. Bukvić Semra, član – Osnovna sindikalna organizacija JU Zavod za zdravstvenu zaštitu žena i materinstva Kantona Sarajevo
6. Burzić Amir, član – Osnovna sindikalna organizacija JU Zavod za bolesti ovisnosti KS
7. Čaušević Amir, član – Osnovna sindikalna organizacija Zavod za javno zdravstvo FBiH
8. Delihasanović Kemo, član – Osnovna sindikalna organizacija JU Apoteke Sarajevo
9. Dizdarević Fikreta, član – Osnova sindikalna organizacija JU Stomatološki fakultet sa klinikama Sarajevo
10. Durak Ševala, član – Osnovna sindikalna organizacija JU Zavod za zdravstvenu zaštitu studenata KS
11. Feta Zarif, član – Osnovna sindikalna organizacija JU Psihijatrijska bolnica Kantona Sarajevo
12. Habul Mirza, član – Osnovna sindikalna organizacija JU Zavod za javno zdravstvo Kantona Sarajevo
13. Istenić Nermin, član – Osnovna sindikalna organizacija JU Zavod za medicinu rada Kantona Sarajevo
14. Karić Aldijana, član – Osnovna sindikalna organizacija JU Zavod za zdravstvenu zaštitu radnika u saobraćaju
15. Koudeimati M. Bassam, član – Osnovna sindikalna organizacija JU Dom zdravlja Kantona Sarajevo
16. Kužatko Vedran – Osnovna sindikalna organizacija JU Zavod za zdravstvenu zaštitu uposlenika MUP-a Kantona Sarajevo
17. Musić Sanela, član – Osnovna sindikalna organizacija JU Opća bolnica „Prim. dr Abdulah Nakaš
18. Pekmez Medina Amina, član – Osnovna sindikalna organizacija JU Zavod zdravstvenog osiguranja i reosiguranja FBiH
19. Poljo Aela, član – Osnovna sindikalna organizacija JU Zavod za sportsku medicinu KS
20. Sadiković Senad, član – Osnovna sindikalna organizacija JU Zavod za transfuzijsku medicinu FBiH
21. Torlak Kemal, član – Osnovna sindikalna organizacija JU Dom zdravlja Kantona Sarajevo

Nadležnosti i područje djelovanja Glavnog odbora Sindikata utvrđeno je članom 23. Statuta Sindikata.