Glavni odbor Sindikata je najviši organ Sindikata između dva zasjedanja Skupštine i obavlja poslove iz nadležnosti Skupštine.

Članovi Glavnog odbora su predsjednici osnovnih sindikalnih organizacija, dodatno još po jedan član iz osnovne sindikalne organizacije JU Dom zdravlja KS, JU Opća bolnica „Prim. dr Abdulah Nakaš“ Sarajevo, te predsjednik i dopredsjednik Sindikata.

Glavni odbor Sindikata broji 20 članova.

Članovi Glavnog odbora Sindikata za mandatni period 2015. – 2019. godina su:

1. Selimić Edo, predsjednik
2. Bijedić Lana, dopredsjednik – Osnovna sindikalna organizacija JU Zavod za zdravstvenu zaštitu studenata Kantona Sarajevo
3. Bešić Samir, član – Osnovna sindikalna organizacija JU Zavod za hitnu medicinsku pomoć Kantona Sarajevo
4. Brajković Mario, član – Osnovna sindikalna organizacija JU Opća bolnica „Prim. dr Abdulah Nakaš
5. Bukvić Semra, član – Osnovna sindikalna organizacija JU Zavod za zdravstvenu zaštitu žena i materinstva Kantona Sarajevo
6. Burzić Amir, član – Osnovna sindikalna organizacija JU Zavod za bolesti ovisnosti
7. Čaušević Amir, član – Osnovna sindikalna organizacija Zavod za javno zdravstvo FBiH
8. Delihasanović Kemo, član – Osnovna sindikalna organizacija JU Apoteke Sarajevo
9. Feta Zarif, član – Osnovna sindikalna organizacija JU Psihijatrijska bolnica Kantona Sarajevo
10. Gušić Edis, član – Osnovna sindikalna organizacija JU Zavod za zdravstvenu zaštitu uposlenika MUP-a Kantona Sarajevo
11. Habul Mirza, član – Osnovna sindikalna organizacija JU Zavod za javno zdravstvo Kantona Sarajevo
12. Istenić Nermin, član – Osnovna sindikalna organizacija JU Zavod za medicinu rada Kantona Sarajevo
13. Koudeimati M. Bassam, član – Osnovna sindikalna organizacija JU Dom zdravlja Kantona Sarajevo
14. Pekmez Medina Amina, član – Osnovna sindikalna organizacija JU Zavod zdravstvenog osiguranja i reosiguranja FBiH
15. Pepić Feka, član – Osnovna sindikalna organizacija JU Zavod za zdravstvenu zaštitu radnika u saobraćaju
16. Sadiković Senad, član – Osnovna sindikalna organizacija JU Zavod za transfuzijsku medicinu FBiH
17. ŠljivoAnel, član – Osnovna sindikalna organizacija JU Opća bolnica „Prim. dr Abdulah Nakaš
18. Tukelija Adnan, član – Osnovna sindikalna organizacija JU Dom zdravlja Kantona Sarajevo
19. Poljo Aela, član – Osnovna sindikalna organizacija JU Zavod za sporstku medicinu Kantona Sarajevo
20. Dizdarević Fikreta, član – Osnovna sindikalna organizacija JU Stomatološki fakultet sa klinikama Sarajevo

Nadležnosti i područje djelovanja Glavnog odbora Sindikata utvrđeno je članom 24. Statuta Sindikata.